Lionel Luthor è rimasto cieco durante la tempesta che ha sconvolto Smallville; Lex, in preda ai sensi di colpa, decide di occuparsi di suo padre invitandolo a trasferirsi con lui nel castello. Per farsi aiutare nel lavoro Lionel assume Martha come sua assistente. Jonathan è ovviamente contrario all’offerta, ma Martha gli fa notare che in questo modo hanno la possibilità di sorvegliare da vicino i movimenti di Lionel e Lex. Clark è costretto a svelare la sua identità a Pete dopo che quest’ultimo trova l’astronave in mezzo al suo campo. Grazie a una nuova amicizia, Clark scopre delle grotte indiane che potrebbero celare degli indizi importanti sul suo pianeta di origine. Sfortunatamente non è l’unico a essere interessato alle grotte e Lionel Luthor batte sul tempo suo figlio Lex impadronendosi dei diritti di scavo. Ma le informazioni più importanti arrivano da New York, e più precisamente dal Dottor Swann, un brillante scienziato che svela a Clark la sua vera identità. Chloe accoglie Lana in casa sua dopo che Nell si sposa e lascia Smallville, ma purtroppo il loro rapporto si incrina quando Chloe scopre che Clark e Lana si frequentano alle sue spalle. In cerca di vendetta, Chloe accetta la proposta di Lionel Luthor e comincia a indagare seriamente sul mistero rappresentato da Clark Kent. Clark deve guardarsi da un altro pericolo: la criptonite rossa. Questo tipo di frammento agisce alterando il suo carattere e privandolo del suo senso della morale trasformandolo in una persona che non si ferma davanti a niente per ottenere ciò che vuole. Lex fa la conoscenza di Helen, una dottoressa, e se ne innamora a tal punto da chiederla in moglie. Ma riuscirà a mettere da parte il suo istinto naturale per i segreti e i sotterfugi? O la sua ossessione per Clark gli costerà l’amore dell’unica persona che sembra veramente tenere a lui?